Ich gehe davon aus, dass sie die IBAN brauchen weil die über PayPal nur den Betrag erstatten können den du darüber bezahlt hast.

Dann wirst du den Differenzbetrag per Banküberweisung bekommen. Zumindest steht es so in der Mail.

Sie schreiben nicht, dass sie beide Tickets bezahlen. Sie schreiben, dass sie entweder das Flixtrain Ticket erstatten oder die Kosten für dein alternatives Ticket bei der Deutschen Bahn (je nachdem was teurer war). Sie schreiben explizit, dass nur eines der beiden geht und weil dein Ersatzticket teurer war als das von Flixtrain erstatten sie die Kosten dafür.

Edit: falls dich das “two separate transactions” verwirrt: die meinen nur, dass das Geld in zwei Teilüberweisungen kommt. Vermutlich ein mal in Höhe des ursprünglichen Flix Train Tickets und dann nochmal der Differenzbetrag zum DB Ticket.